मंत्रिमंडल सचिवालय भारत सरकार (कार्यकरण) नियम, 1961 और भारत सरकार (कार्य-आबंटन) नियम, 1961 के प्रशासन के लिए उत्‍तरदायी है और इन नियमों का अनुपालन सुनिश्चित करते हुए सरकार के मंत्रालयों/विभागों में कार्य के निर्विघ्‍न संपादन को सुसाध्‍य बनाता है। यह सचिवालय सचिवों की स्‍थायी/तदर्थ समितियों के माध्‍यम से अंतर-मंत्रालयीय समन्‍वय सुनिश्चित करके, मंत्रालयों/विभागों के बीच मतभेदों को दूर करके और आम सहमति बना कर सरकार में निर्णय लेने की प्रक्रिया में सहायता करता है। इस तंत्र के जरिए नई नीतिगत पहलों को भी बढ़ावा दिया जाता है।